Neku Sakuraba, um garoto de 15 anos com um hobby por música e graffiti, acorda no que parece ser o distrito comercial de Shibuya, em Tóquio, Japão. Sem saber por que ele está ali, ele abre a mão para perceber que está segurando um estranho alfinete preto. Depois de sacudi-lo com a mão, os pensamentos das pessoas ao seu redor começam a fluir em sua cabeça imediatamente. Surpreso, Neku descobre que é capaz de ler a mente dos outros e presume que isso tenha algo a ver com o alfinete preto que ele está segurando.