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Aki Sora fala sobre Aoi Aki e Aoi Sora, dois irmãos que compartilharam um laço íntimo desde a infância. Durante juventude, eles vão percebendo a verdadeira profundidade do amor que sentem um ao outro e consumam aquele amor em segredo. Eles mantêm sua irmã , Nami, irmã gemea de sora, sem saber dessa relação. Nami, sem pistas do que está acontecendo aponta seu o irmão para sua melhor amiga, Sumiya Kana. Apesar destas relações Nami parece ter sentimentos por alguém próximo a ela, mas os mantém segredo também.